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Phylogénétique les méthodes comparatives sont toujours un sujet de discussion animée et de nombreux développements méthodologiques. J’ai donc pensé qu’il serait utile de mettre en évidence certains articles récents qui ont développé de nouvelles méthodes au cours de l’année écoulée. Veuillez m’envoyer un e-mail ou laisser un commentaire s’il y a quelque chose que j’ai omis ou si quelque chose de nouveau sort.

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Thomas Hansen et ses collègues ont introduit une nouvelle méthode pour étudier l’adaptation en utilisant des méthodes comparatives. Leur approche est une généralisation du modèle d’Ornstein-Uhlenbeck qui permet des contraintes adaptatives et des interactions phylogénétiques. Ils ont un package R SLOUCH qui peut être utilisé pour s’adapter au modèle.

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Dans Evolution , Liam Revell a développé une nouvelle approche pour la réduction et la taille des données correction à l’aide d’approches phylogénétiques – cela est souvent mal fait car la transformation est couramment appliquée avant l’analyse phylogénétique, mais elle doit être correctement effectuée en même temps.

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Une nouvelle méthode dans Écologie fonctionnelle permet de tester la dépendance phylogénétique dans des données multivariées complexes qui intègrent également une erreur de mesure.

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Ce qui s’avérera, je pense, être une méthode très populaire est une nouvelle approche pour tester le signal phylogénétique et analyser les corrélats des traits binaires, essentiellement une régression logistique phylogénétique par Anthony Ives et Ted Garland.  L’approche permettra la modélisation linéaire des corrélats d’un trait binaire, ce qui était difficile auparavant.

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Dans un domaine connexe, un autre développement très important est l’analyse des taux de spéciation et d’extinction lorsque ceux-ci sont affectés par un trait binaire.  FitzJohn et al. ont montré comment Le modèle BiSSE , développé pour ce faire, peut être appliqué lorsque les phylogénies ne sont pas complètement résolues.

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Un article de Richard Smith est susceptible d’intéresser de nombreuses personnes utilisant des méthodes comparatives. sur l’utilisation et la mauvaise utilisation du raccord de ligne à axe principal réduit. Il discute des hypothèses de cette méthode, qui ne sont pas largement appréciées.

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Dans l’American Naturalist Marc Lajeunesse a développé des méthodes liant analyse et méta-analyse, permettant essentiellement la méta-analyse à être corrigé pour la non-indépendance phylogénétique.

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Dans Proc B une nouvelle méthode pour intégrer la dépendance spatiale et phylogénétique a été présentée, et dans JEB il y a eu un examen du ‘ péchés capitaux de l’analyse comparative ‘ (excuses pour l’auto-promotion!).

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Juste pour terminer par voici un autre méthode pour expliquer l’adaptation.

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